肛瘘手术的原则是在维护肛门括约功能的基础上，治愈肛瘘或减轻症状。治疗成功的关键是正确处理内口和尽可能处理支管或脓腔。正确寻找内口可以通过探针探查、瘘管注射染料、跟踪瘘管中的肉芽组织、牵拉瘘管观察肛腺的皱褶等等。